Secara resmi status negeri Universitas Musamus Merauke ditetapkan pada tanggal 19 November 2010, ketika terbit Peraturan Presiden Nomor: 65 Tahun 2010 tentang Pendirian Universitas Bangka Belitung, Universitas Borneo Tarakan, dan Universitas Musamus.
Biaya kuliah Universitas Musamus Merauke mengikuti ketentuan nasional dengan memakai sistem Uang Kuliah Tunggal (UKT). Besaran UKT yang dibebankan kepada mahasiswa sama setiap semesternya tanpa dibebani biaya lain-lain. Jumlah UKT yang dibayarkan berdasarkan kemampuan ekonomi orang tua atau yang membiayai, sehingga pengelompokan UKT juga berdasarkan kondisi ekonominya.
Setiap tahun besaran UKT bisa saja berbeda namun perubahan hanya untuk mahasiswa angkatan baru. UKT terbaru Universitas Musamus Merauke mengacu pada Keputusan Menristekdikti Nomor 91/M/KPT/2018 tentang Biaya Kuliah Tunggal dan Uang Kuliah Tunggal pada Perguruan Tinggi Negeri di Lingkungan Kementerian Riset, Teknologi, dan Pendidikan Tinggi Tahun Angkatan 2018. UKT Unmus Merauke dibedakan menjadi menjadi 5 kelompok, berikut daftarnya:
Pengelompokan UKT juga berlaku bagi mahasiswa dari jalur mandiri. tidak ada pengenaan uang pangkal atau sumbangan institusi.
Mau. Urus bebas tangungan